主体标志由字母“B”组成，代表该中心位于北京，港澳青年群体与北京相连接。同时形状也取自“天坛”的外形，具有地理位置上的辨识度。红黄蓝三原色，是色彩中的基础色，也寓意着青年群体是社会的强有力的基础，表达对该群体的重视程度。颜色亮丽，富有活力，也寓意北京中心对港澳与内地联系进一步紧密的美好寄托与祝愿。